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Philæ se trouve juste au sud d'Assouan, à la première cataracte du Nil, la frontière méridionale traditionnelle de l'Égypte antique et la porte de la Nubie. L'île était consacrée à Isis, la grande déesse mère de la religion égyptienne, et était associée au mythe d'Osiris, son époux, qu'elle était censée avoir pleuré et ressuscité ; une île voisine, Biggeh, était considérée comme l'un des lieux de sépulture d'Osiris. Le complexe de temples qui s'y développa devint le principal centre du culte d'Isis à la période tardive de l'histoire égyptienne.
Bien que le culte sur l'île fût ancien, les bâtiments conservés sont relativement tardifs. Les éléments les plus anciens encore debout datent du pharaon Nectanébo Ier de la XXXe dynastie (IVe siècle av. J.-C.), mais le grand temple d'Isis et la plupart des autres structures furent construits et décorés sous la dynastie ptolémaïque (305–30 av. J.-C.) et complétés par les empereurs romains. Le complexe comprend le temple principal avec ses deux grands pylônes et sa cour à colonnades, l'élégant kiosque de Trajan (un pavillon romain inachevé devenu l'un des monuments d'Égypte les plus admirés et les plus souvent peints), un temple d'Hathor, ainsi que diverses portes et chapelles. Les reliefs montrent des rois ptolémaïques et des empereurs romains accomplissant des rituels devant les dieux égyptiens, dans la manière pharaonique traditionnelle.
Philæ occupe une place particulière dans l'histoire comme l'un des derniers bastions de la religion égyptienne antique. Alors que la plupart des temples cessèrent de fonctionner après l'adoption du christianisme par l'Empire romain, le culte d'Isis à Philæ se poursuivit, en partie parce que les peuples nubiens du sud restèrent dévoués à la déesse. La plus récente inscription connue en hiéroglyphes égyptiens — le dernier emploi daté de cette écriture utilisée depuis plus de trois mille ans — fut gravée ici en 394 ap. J.-C. Le temple fut finalement fermé sur ordre de l'empereur chrétien Justinien vers 537 ap. J.-C., et certaines parties furent converties en églises.
Au XXe siècle, le temple fut menacé de destruction. Le premier barrage d'Assouan, construit en 1902, laissa Philæ submergée sous le réservoir pendant une grande partie de l'année, de sorte que les visiteurs contemplaient les temples en bateau, regardant les colonnes à travers l'eau. Lorsque le haut barrage d'Assouan, beaucoup plus grand, fut construit dans les années 1960, Philæ aurait été inondée de façon permanente. Lors d'une opération de sauvetage coordonnée par l'UNESCO entre 1972 et 1980, l'ensemble du complexe fut entouré d'un batardeau, asséché, démonté en quelque 40 000 blocs, puis remonté sur l'île voisine plus élevée d'Agilkia, dont le relief fut même remodelé pour ressembler à l'île originelle de Philæ. Les temples déplacés furent ouverts aux visiteurs en 1980.
